Añádele en cada .pol de la orto la linea
LAYER_GROUP airports -1
De este modo todo lo referente al apt.dat queda por encima de las ortos, el orden dentro de wed no tiene relevancia salvo por los taxi y pistas nativas de XP, pero si hay ortos o demás objetos hay que especificarlo con el layer group.
http://developer.x-plane.com/?article=obj8-file-format-specificationTen en cuenta que en la wiki sale referenciado como ATTR_layer_group, pues este sólo para objetos, pero para LINs y POLs el comando es LAYER_GROUP (los grupos son los mismos).